3-й окремий загін спеціального призначення виконував бойові та спеціальні завдання під час проведення Антитерористичної операції на території Донецької та Луганської областей у 2014-2017 роках, а також брав участь в обороні Маріуполя.
З початку повномасштабного вторгнення 3-й загін спеціального призначення виконує бойові завдання в Одеській, Донецькій, Луганській та Харківській областях. Ці завдання виконувалися в населених пунктах Святогірськ, Богородичне, Соснове, Тетянівка, Долина, Стародубівка, Пискунівка, Брусівка, Діброва, Енергодар, Бахмут, Вербівка, Балаклія, Куп'янськ, Стельмахівка, Кремінна, Копані, Роботине.
З червня по липень 2022 року підрозділ брав участь у бойових діях під Богородичним.
З вересня 2022 року підрозділ виконує завдання на Харківському, Луганському, Донецькому та Запорізькому фронтах.
Крім того, з серпня 2022 по січень 2023 року водолазна група підрозділу виконувала бойові завдання під командуванням Головного управління розвідки Міністерства оборони України (ГУР МОУ) поблизу Енергодару.